La pandémie de COVID-19 a propulsé le développement de la surveillance des eaux usées pour détecter la présence de virus dans les communautés à travers le pays. Cinq ans plus tard, certains programmes ont disparu, mais ceux qui restent, ainsi que les progrès scientifiques qui en ont découlé, demeurent de précieux outils pour la santé publique.

Tout à l'est d’Ottawa se trouve le Centre Robert O.Pickard. C’est ici que les eaux usées de toute la ville sont acheminées, traitées et ultimement rejetées dans la rivière des Outaouais.

Quatre fois par jour, le personnel en prélève un petit échantillon, qui est ensuite envoyé à l'Université d'Ottawa.

Pour le professeur en génie civil Robert Delatolla, c'est une mine d'informations.

On regarde la présence, encore, du SARS-CoV-2, qui est le virus responsable de la COVID-19, on regarde aussi pour l’Influenza A, l’Influenza B, le virus respiratoire syncytial, la mpox [....] et un vaste éventail de virus, explique le chercheur, qui est également titulaire d'une chaire de recherche en santé publique appliquée.

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Ces données sont communiquées aux instances locales de santé publique pour leur donner une idée des tendances dans la population, et même des menaces émergentes comme la grippe aviaire.

Des opérations semblables ont lieu dans de multiples usines de traitement d’eau à travers le Canada. La vaste majorité d’entre elles n’existaient pas avant 2020.

De la polio à la COVID-19

Avant la pandémie, des épidémiologistes s’intéressaient déjà à ce qui se trouve dans les égouts pour obtenir des indices sur la santé de la population. Au Canada, on s’en sert depuis des décennies pour garder un œil sur la présence du virus de la polio, une maladie éradiquée en 1994 grâce à la vaccination.

Avec la pandémie, la surveillance à travers le pays a vraiment augmenté. À un moment donné, on avait plus de 200 localités surveillées en tout temps au Canada. Rien qu’en Ontario, [...] on en avait jusqu’à 100.

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L’Ontario a mis sur pied un des plus grands programmes de surveillance des eaux usées au monde, d’après lui. D’autres provinces et territoires, et le gouvernement fédéral, ont aussi investi dans ces projets.

Le Docteur Paul Roumeliotis, médecin hygiéniste du Bureau de santé de l’est de l’Ontario, estime que cette importante surveillance a changé la donne.

Avant, [...] la surveillance épidémiologique dans notre région était basée sur les flambées que nous avons eues, le taux de pourcentage, les personnes qui étaient testées, les hospitalisations…, explique-t-il.

Mais bien avant que des gens ne commencent à présenter des symptômes, le virus circule dans la communauté, et par conséquent dans les eaux usées.

Si vous voyez les statistiques, si on les met côte à côte, on voit la pente de l’eau usée qui augmente un petit peu, et peut-être sept jours après, on voit une augmentation des autres indicateurs cliniques.

La quantité de données amassées sur l’évolution de la COVID-19 a permis aux experts de mieux comprendre cette corrélation. Et révélé de nouvelles avenues de recherche sur les eaux usées.

La COVID est une maladie respiratoire, pas une maladie qui va se présenter dans les excréments comme la polio, donc ce n’est pas quelque chose qu’on pensait à surveiller. [...] Ça a fonctionné. On a vu que cet outil de surveillance environnemental était ouvert pas seulement pour les maladies entériques, observe Elisabeth Mercier, qui étudie le sujet pour son doctorat en génie environnemental sous la supervision de Robert Delatolla.

La base de données américaine PubMed recense 37 articles scientifiques avec les mots-clés surveillance, eaux usées, virus respiratoire (en anglais) publiés entre 2015 et 2020. De 2020 à 2025, on en trouve 374.

Agir plus vite pour prévenir les infections saisonnières

Les données récoltées par l’équipe de Robert Delatolla aujourd’hui à Ottawa informent encore les décideurs de la santé publique de la capitale. Elles ont en partie alerté les autorités sanitaires d’une importante hausse de la transmission de la grippe, du VRS et de la COVID-19 dans la région en septembre 2023, selon le Dr Delatolla.

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Plusieurs hôpitaux de la région avaient alors temporairement réinstauré le port du masque dans leurs établissements. Le Dr Roumeliotis se sert aussi de l'état des eaux usées comme d'indicateur sur le succès des politiques de santé publique et les campagnes de vaccination.

On a commencé cette année, pour la première fois en Ontario, à vacciner les nouveau-nés pour prévenir le VRS, et nous avons aussi des vaccins pour prévenir le VRS chez les personnes âgées. Donc on peut avoir un historique qui nous dit "OK, est-ce que c’est mieux cette année que c’était?" explique Paul Roumeliotis.

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Une surveillance réduite depuis 2024

Le programme provincial de surveillance des eaux usées que l’Ontario pendant la pandémie avait fait figure d’exemple à travers le monde. La province y a mis fin à l’automne dernier, jugeant qu’il était redondant en raison de l’existence d’un autre programme géré par l’Agence nationale de santé publique (ASPC).

Le programme national surveille toutefois seulement neuf sites en Ontario, situés à Toronto, Kingston, London et Sudbury, soit environ 30 % de la population.

Le programme provincial permettait de récolter des données sur environ 75 % des Ontariens, indique Elisabeth Mercier.

Il y a beaucoup de données qu’on va manquer. S’il y a des éclosions dans de plus petites villes, ce n’est pas quelque chose qu’on va pouvoir voir.

Il existe aussi des programmes locaux, comme celui d’Ottawa, mais ils ne suffisent pas à compenser la disparition du programme provincial, selon Robert Delatolla.

Le Dr Roumeliotis, d’ailleurs, doit maintenant se fier aux données des eaux usées de Kingston et des régions voisines pour avoir une idée des tendances épidémiologiques. J’aimerais ça, qu’on commence à tester plus proche, dit-il.

Mieux préparés pour la grippe aviaire?

Dr Roumeliotis pense que la surveillance des eaux usées sera un outil très important pour surveiller la grippe aviaire H5N1. La maladie cause actuellement des ravages dans les élevages de volaille au Canada et surtout aux États-Unis. En novembre, la santé publique a confirmé un premier cas chez l’humain contracté au Canada.

Paul Roumeliotis et Robert Delatolla surveillent tous deux ce virus comme cause potentielle d’une future épidémie ou de pandémie chez les humains.

Nous voyons des sauts d’espèces vers les mammifères et les humains. Je pense que la surveillance des eaux usées est bien placée pour servir de système d’alerte précoce.

Robert Delatolla souligne que la pandémie de COVID-19 a permis de bâtir une grande quantité de connaissances sur les eaux usées au Canada.

Je pense que c’est quelque chose qu’on garde. Et on espère que ces progrès seront mis à contribution pour la prochaine pandémie, dit-il.

L'ASPC a reçu environ 60 millions de dollars pour la surveillance des eaux usées à travers le pays depuis 2020.

Alors que ce financement temporaire s'achève, l'ASPC examine de manière responsable les ressources afin d'assurer la durabilité et l'efficacité des programmes à venir, indique un porte-parole par courriel.

Il indique que de plus amples informations viendront dans les prochains mois.